я думаю, что если я и миную юсб - то проблемы всеравно останутся, т.к. я точно знаю, что протокол общения с помпой криво написан, у меня все руки не доходят его проверить и переписать.
Если там таки есть выход уарт не через юсб - ты исключишь все глюки, связанные с юсб. А приложение уже будет общаться напрямую через нормальный аппаратный уарт, который не отваливается.