тогда руками по очереди в каждую виртуалку. Если вернуться к модели "виртуальная машина" - это отдельный комп, то как бы выглядел бэкап? Отключаем диск от одного компа и подключаем к другому, делаем бэкап. Опять отключаем, подключаем к третьему и делаем бэкап.
я делаю, например, qm set 100 -virtio2 /dev/disk/by-label/backup, жду завершения бекапа - и так для всех виртуалок?