понятно. понеслась
в innodb все данные хранятся в виде btree дерева, которое строится на первичном ключе. в листьях хранится информация. индекс хранит в себе построеное по ключику дерево, в листьях которого хранятся первичный ключ. соответсвенно, в любом случае будет хождение по 40к деревьям в поисках данных по первичном ключике
источник, где я это прочитал сейчас найду