подскажите что произойдет если я на одном из этапов CI меняю фаил в репозитории, и как артифакт его сохраняю в последующих этапах он заменит исходный фаил?
Не путай понятия, меняешь и сохраняешь как артефакт, а следующая джоба клонирует исходную репу и копирует его.