Нет, ты просто не можешь сформулировать вопрос нормально.
Файл на диске уже бинарный, его можно открыть в hex-редакторе, скопировать hex в окно программатора и зашить на флешку.
Если файл в виде массива байт в си, то там либо hex, либо цифры 0-255. Если он в си, то я не понимаю, что тебе надо делать. Если превратить хекс в бинарник — то просто убираешь скобочки, пробелы и запятые и засовываешь в hex-редактор. Или гуглишь что-то вроде "convert c array to bin file", наверняка найдётся скрипт. В обратную сторону точно находится.