а с чего бы ему много весить? Это всего лишь базовый образ системы + установленные зависимости для ПО которое в нем будет запускаться + само ПО. Чуть больше образа контейнера, но не на очень много. Но это точно будет весить <= бэкапа. А если бэкапов >= 3, то образ точно выгодней по месту. Тебе в единый момент времени максимум нужно два образа. Любые итерации имзинений ты можешь собрать packer'ом c нуля, откатившись на нужный коммит и пересобрав заново образ из шаблона в этом коммите.
Нет смысла делать apt upgrade. Когда можешь запечь еще один образ с обновленным ПО/новым дистибитувом и выкатить. А старый удалить.
С scm аналогично, сломалось после apt-upgrade, выкатываешь систему с нуля, и scm ее готовит.