скажем так, большой разницы нет или она не принципиальна. Часть привычных мелких инструментов свежее в deb-based дистрибутивах, но ред хэтрулит и педалит
скажем так, шанс сломать сервер делая dnf update примерно равна 0, а вот шанс сделать тоже самое с deb довольно велик, особенно если на серваке пара версий питона, куча гцц и рейд контроллер "особенный".
особенно мне нравилось как фанаты дебов хейтили btrfs, в то время как разрабы дебов просто не следили что обновляют