Проверять могут регуляторы в той области, для которой используются СКЗИ. ФСБ не занимается блужданием по организациям, с вопросами типа "а как у вас тут со СКЗИ?", они проверяют своих лицензиатов. Как минимум потому, что если организация, использует СКЗИ для себя и лицензиатом ФСБ не является, ФСБ вообще не в курсе, есть у них СКЗИ или нет. Да и вообще о существовании ООО "Рога и Копыта" может не догадываться. Например, если это банк, то там будут ЦБ и РКН, в медицинских, по логике, Минздрав и РКН и т.д.