В закрытие темы, оставлю это здесь:
A linear ring MUST follow the right-hand rule with respect to the area it bounds, i.e., exterior rings are counterclockwise, and holes are clockwise.
Причиной было одно направление внешнего и внутреннего полигона.
Если встретитесь ещё с этой проблемой, тут есть инструмент для конвертации:
http://mapster.me/right-hand-rule-geojson-fixer/