При работе с файлами JVM использует или кодировку по умолчанию, а она задается через
-Dfile.encoding=UTF-8
в Windows она будет cp1251 по умолчанию
или ту, которая задана программно.
Попробуй задавать программно кодировку, соответствующую файлу. Но для base64 должно быть без разницы.
При отправке запроса используется та кодировка, что задана в HTTP Sampler или HTTP Default Config.
А если там ничего не задано, то используется значение из файла
hc.parameters
#http.protocol.element-charset=ISO-8859-1
Попробуй задать явно кодировку в HTTP Sampler