у приложения может быть SSL-pinning
Это значит, что сертификат сервера захардкожен в приложении.
(скорее, конечно, не сам сертификат, а рутовый сертификат, которым подписан сертификат сервера)
В результате при попытке перехватить трафик, приложение не работает через прокси, так как не доверяет сертификату чарлеза
приложению с SSL-Pinning наплевать на то, что ты установишь серт в хранилище телефона