Мысль была в том, что если не делать continious queries для аггрегации текущих данных, а просто хранить долго данные. То хорошо для каждого источника делать свою InfluxDB, так выше отказоустойчивость. Быстрее возможные перезапуски.
Опытным путем было установлено, что два InfluxDB с большими БД на одной машине работают не хуже, чем один с двумя большими БД, а даже стабильнее