Блин, ты прав.
Не подумал, что в консольном режиме и в GUI-режиме рабочая папка меняется.
Как проверял:
сказал жметру взять параметр из CSV-файла, положил файл с одним именем и разным содержимым в 2 папки: рядом с JMX и в каталог BIN
в GUI параметр прочитался из файла, что лежал в BIN а в консольном - рядом с JMX