Вероятно, на ресурсе byte[], который без преобразования в строку переводится в Base64
Изучил вопрос, кажется невозможно преобразовать файл не прочитав его предварительно в строку.
Сделал в jsr223 вот так:
import java.lang.String;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import org.apache.commons.io.FileUtils;
import org.apache.commons.codec.binary.Base64;
String file1 = FileUtils.readFileToString(new File("${filepath}"));
byte[] file2 = Base64.encodeBase64(file1.getBytes());
vars.put("file12",new String(file2));
Результат совпал с ${__base64Encode(${__FileToString()})}