есть такая проблема но, применимо к jmeter там не совсем всё так плохо.
во-первых jmeter высчитывает каждую метрику на ходу и пакует её в 5-ти секундный интервал, усредненную, но это метрики по голым данным персентилей и медиан каждого запроса внутри этого интервала, а не 99 персентиль от среднего или агрегированного значения.
во-вторых для уменьшения степени усреднения этой агрегации можно менять частоту отправки данных в инфлюкс
в-третьих, безусловно, надо ловить метрики отклонений помимо перснетилей и тогда можно будет говорить о +- хорошем и показательном мониторинге)
Что то меня память видимо подводим, но в инфлакс вроде сырые данные должны уходить, про какие 5 секунд вы говорите все?(