Можно ссылку в мою сторону пнуть?
Ссылок, к сожалению, нет. Основная мысль - один канал таймера (1 или 2) настраивается на вход, сам таймер переводится в режим слейв триггер от этого входа. У dma таймера обычно есть trig эвент, цепляемся за него. Если нет у конкретного номера, можно использовать CCx или Upd эвенты, при этом можно настроить дополнительно задержку срабатывания. Детально см. даташит и примеры из куба.
Да, нужно, чтобы нога, куда приходит сигнал, маппилась на канал таймера.