решение такого вида не сработает при таком повышении напряжения, потому что будет очень маленький кпд
Причина не в этом, а в том, что нужен транзистор и диод на 6000В.
В добавок управлять ШИМом на малой скважности не получится. Готовая шимка будет резать пачки импульсов, а dsp не даст нужное количество шагов регулятору даже с hrpwm