От расширений можно получить больше проблем чем пользы, мне кажется если косметические изменения, то да расширения это выход, если копать глубже, то сильно нужно подумать стоит ли игра свеч
Недавно обновлял свою УТ, в которой было "наколбашено" по всякому. В итоге довел до состояния, где в основной конфе нет дописок, только новые объекты\реквизиты\общие модули. Вся логика расширений объектов и форм - в одном расширении, модификация общих модулей и прочего, что не требует заимствований чего-бы то ни было - в другом.
Теоретически, могу обновиться в любой момент. Сами расширения не содержат данных ИБ и новых таблиц не создают.
В худшем случае, потрачу два дня на восстановление расширения.