Для простоты примем, что таймер работает на частоте 100 кГц, а контроллер на частоте 10 МГц (вполне нормальная ситуация), и полная обработка прерывания занимает 500 команд. При частоте 100 кГц таймер будет считать до 1 мс в течение 100 тактов. По времени за один тактовый импульс таймера ядро будет обрабатывать 100 команд.
Время входа в прерывание я сознательно учитывать не буду, это не принципиально.
Пускай таймер считает, и процессор в это время выполняет код из main().
...
98 -> Процессор выполняет код в main().
99 -> Процессор выполняет код в main().
0 -> Произошло прерывание, процессор вошел в обработчик и запомнил команду, на которой остановился в main().
1 -> Процессор выполнил 100 команд обработчика.
2 -> Процессор выполнил 200 команд обработчика.
3 -> Процессор выполнил 300 команд обработчика.
4 -> Процессор выполнил 400 команд обработчика.
5 -> Процессор выполнил 500 команд обработчика, прерывание завершилось.
6 -> Процессор продолжает выполнять код из main(), начиная со следующей команды после той, после которой он ушел в прерывание.
7 -> Процессор продолжает выполнять код в main().
...