а остальное время он чилит, чилит все 72МГц выполняет все что угодно и другое. Но когда наступает именно
71 999 - ничего
72 000 - в прерывание (Нужные нам ровно 1000 мс)
72 001 - опрос кнопки условно занимает +2 такта (уже немного больше 1000мс ~ 1000.001мс
72 002 - все еще опрос той кнопки, второй такт (так же немного больше времени, ведь такты все еще считаются 1000.002мс)
72 003 - опрос чего то еще другого ...
...
72 019 - все нужное опросили в пределах 19 такта и время за эти 19 тактов вырос до 1000.019мс, что больше ровно 1мс.
72 020 - спрасываем счетчик до 0. итого время 1000.020мс и покидаем это краткое прерывание
...
0 - опять с нуля начинаем ( что то там другое делаем, чилим и отсчет времени тоже начинается с 0.
Но предыдущий сброс был на 1000.020мс а не ровно 1000мс и сразу же пошли считать новый отсчет.