Ну есть SPI на флешку, пара страпов, которые рулят тем, через JTAG она грузит конфиг или через флешку (и в каком режиме, если через флешку) и пара пинов состояния.
Я не представляю, как на уровне софта работать с альтеровским JTAG'ом, и тут действительно разве что воспроизводить USB Blaster со всеми вытекающими. С SPI все вроде и проще, но я ни в одном гайде такого не видел. Пахнет костылями и рисками... Как-то так, в общем.