вероятно можно на каджый шаг сделать интеррапт кстати, и решать делать или не делать шаг
Почитайте про таймеры в стм32. Там, вроде, есть режим, когда он генерит интеррапт по достижении определённого кол-ва переполнений, что, примерно, и нужно, как я понимаю. Ну и вариантов управления шаговиками чисто переферией масса просто, нужно просто знать, как эта переферия работает.