Редеплойнул сайт - будут проблемы с реконнектом, намазал 2-3 ноды - будут проблемы с балансировкой, либу апдейтнул - могут быть проблемы с обновлением, клиент отошел от компа, табнулся - у тебя он висит как активный и держит коннект/занимает память, в отличии от SPA нормально не сделать offline-mode, как оно индексируется с точки зрения SEO - одному маккорду понятно. Короче, это сейчас выглядит как технология, с которой интересно играться и юзать ее в тех местах где перечисленные минусы не будут активно влиять (к примеру, админочки, или очень низко-нагруженные приложения)
да весь phoenix_html это быстро собрать на коленке прототип, если нужно что-то серьезнее, то react в руки и вперед