Выше писали, что pbs хранит индекс чанков с контрольными суммами. В этом случае, нет нужды перечитывать хранилище.
До zfs я делал бекап самописным скриптом через rdiff и lvm (не rdiff-backup), но там как раз приходилось считывать каждый раз целиком и устройство на клиенте и бекап этого устройства на сервере, что очень сильно нагружала сервере, т.к сервер один, а клиентов много. Но теоритически эти суммы можно было и сразу подсчитать при первом бекапе, просто именно у rdiff нет удобного механизма для этого.