потому что если у меня три маркера foo, bar, baz и я в конфиге укажу -m "not foo", то если я руками запущу -m "not bar", то у меня foo будет тестироваться
pytest он вроде бы продуманный, красивый и удобный, но как только надо выйти за рамки стандартных юзкейсов начинаются костыли. Вообще их api расширения на хуках и плагинах хоть и мощный, но очень неявный и неоднозначный.