Ну, получается так, что при E2E тестировании часто приходится идти на крайние меры: в случае 2ФА через почту — ловить реальные письма, доставать оттуда код и т.д.
По сути, E2E тесты должны запускаться на сборке приложения, аналогичной продакшну. Поправьте, если я не прав, опыта с E2E нет.