A
Прям в документации описано
И это не полный список
Any time spent on activity that happens outside the execution of the script such as system calls using system(), stream operations, database queries, etc. is not included when determining the maximum time that the script has been running.И это не полный список
Не улавливаю аргументации, max_execution_time делает примерно тоже самое что и fastcgi_read_timeout. Не помню чтобы в том же apache2 такое было, когда оно в режиме модуля работало. Хотя, может и было, только я не знал об этом, но точно помню что достаточно было max_execution_time увеличить.