Каждый обработчик это sub которая возвращает строку?

Да, внутри у каждого обработчика свои обработчики XML::Twig.

Тогда не будет утечек

Мне не нравится, что функции находятся внутри main().

Ну убери их оттуда

XML::Twig->new( twig_handlers => { header => \&header, section1 => \&section1, ...} );
Обработчики должны видеть общие переменные внутри пакета (имя файла, статистику), поэтому требуется общий блок, например main().

Все плохо, но что изменить неизвестно? :)

Я не понимаю твой вопрос. Напиши пример кода на perlbanjo, если хочешь, а я покажу как сделать.

Но возможно тебе надо это: https://perlbanjo.com/37437ac432

Ты хочешь куда-то вынести sub { my ( $t, $section ) ... ?

use File::Temp qw/ tempfile tempdir /;

Для нескольких обработчиков XML::Twig в одном пакете нужны общие переменные, например $fout - вывод в файл и другие. В качестве обработчиков есть анонимные функции и обычные в зависимости от размера их кода. Я привел свой текст, мне не нравится конструкции вида sub main{  sub header{} }.
Сейчас все работает, сомнения были в возможности утечки памяти. Еще есть мысль сделать не в виде пакета, а в виде класса Mergedrule30.

Что такое класс?

помещение в школе такое

my $m30 = App::Mergedrule30->new();

Не понимаю, как это изменит твою ситуацию :)

В смысле, у тебя уже так сделано

Только функция называется не new, а main

Так оставить?