если есть теоретические предпосылки к тому, что в одну объединены две выборки, то из них и исходить. если нету - только визуально прикинуть, дальше по критериям оценивать, насколько существенна неоднородность.
собственно, каждое исследование начинается с составления теоретической модели, а дальше уже под неё проверяются условия, типа стационарности, гомоскедастичности и прочее.