Да, это точно, повозиться придётся.
В данном случае есть реализованный EAV. Думаю, ведь не все спецификации нужно фильтровать.
Думаю, может создать таблицу, записать туда id категории товаров и id EAV спецификаций, которые можно будет использовать для фильтрации. Что думаете?