в линуксе же ещё целый зоопарк de, каждая со своими багами, так что проблема действительно может быть не в идее
Если начать копать под капот окошек идеи, то становится ясно, что проблема таки в них самих. Там ни одного идентификатора не проставлено, по которым DE ориентируются. Или везде проставлены строго одинаковые.