у эклипса страшная проблема это плохая (действительно плохая) интеграция с внешними билд тулами ( gradle вообще ужас, maven много лучше)
но даже с той уже не плохой поддержкой maven, все равно всё намного лучше работает если вы сделаете mvn eclipse:eclipse на parent pom, и при апдейте mvn eclipse:clean mvn eclipse:eclipse