el
это разные пакеты / разный код с одной и той же версией? тогда проблема совсем не в npm, т.к. это нормальное поведение - локальный кеширующий registry как раз часто используется для ci и разработки и он так и должен работать, если пакет не найден в локальном - запрашивать его из глобального и кешировать.