А вот тут уже все сложнее.
Так как варианты A и B - это всегда не про "текущее состояние", а про "идеальное". И в реальной системе нет ни A, ни B, есть какой-то процесс перехода. И удобных инструментов для отслеживания и управления архитектурой именно как процессом, а не артефактом - вроде бы и нет.
Версионирование чуть-чуть помогает, но не сильно. А уж как оно связано с трекером - мне совсем не понятно.
Теоретически, ты можешь diff (текущее идеальное — текущее реальное) раскладывать в набор тасков реализации, которые как раз выгребут разницу.
Но это, конечно, в реальной жизни не будет работать — из-за характера изменений будущего, отставания самого диффа и из-за адской неустойчивости этого gap-backlog'а к любым изменениям.
Но такое пытаются советовать все равно; в том числе бизнес / клиенты
