Я имею в виду, что если у него зп была меньше минимальной для КМа, но больше минимальной для рулинга (т.е. он мог бы получать необлагаемыми, скажем, не 30%, а 10%)
Да, это как раз то, где б.работодатель может пойти навстречу и изменить задним числом налоговую отчетность компании по зарплатам, уменьшив % рулинга. Но им для этого надо бухгалтерию перелопатить, а если это большая компания - они вряд ли этим будут заморачиваться из-за 1 бывшего сотрудника.