в афине ctas создать таблицу с форматом паркет/орк и фиксированным локейшеном. Получится меньше файлов намного и только то, что вам нужно. И потом из этого локейшена вычитать спарком. Афина, скорее всего, намного быстрее прочитает эти файлы и создаст то, что вам нужно.
Это дорого читать через нее. Надо же вроде jdbc driver