да, этого сложно добиться
поэтому на малых проектах имеет смысл черипик, ребейс, вытирание пыли с истории (я сам так делаю на своих же проектах)
а на больших проектах есть куча веток от интерна до всяких security assesments команд, которые болт клали на историю (сквош единственный метод держать это организованно)