Есть огромное кол-во причин не юзать бутстрап, но конфликт имен... блин там в сетке 3 класса row col и container разве сложно запомнить и не использовать их?
Bootstrap не только эти классы импортит в глобальный неймспейс. Ну и держать весь этот контекст в голове усложняет поддержку кода (также как использовать сокращения вместо нормальных имен переменных, создавать все функции в глобальном пространстве имен и пр.), легче сломать верстку при минорных изменениях, при подключении сторонних плагинов со своими стилями. Так что часть BEM-а касающаяся имен классов CSS ("название-неймспейса-название-компонента[__название-примитива][__название-состояния]"), тут оправдана. Bootstrap ей не следует