Заполнять нужно по паспорту, по которому въехали
Можете конечно попробовать через гёч попытаться узнать есть ли лазейка для использования второго паспорта, но вряд ли
Как вариант - покинуть страну, въехать по второму и на него оформлять
Наконец-то дозвонились до икамет гав, там сказали что только один паспорт можно, а в июне 2021 заново подать по новому паспорту. Получается будет не полный год, но не страшно, все дешевле чем летать туда сюда 🙈