Ну как показывают сайты @Grinyaha выборка вглубь по parent in(...) гораааздо быстрее, чем сбор документов по через id in(...) на больших ветках. Т.е. айдишники ты может и получишь быстро в один запрос, но потом получить по ним ресурсы - вот где жесть начинается))
пробовал очистить поле alias - оно после перестройки дерева документов осталось пустым. Я так понимаю должно какое-то событие типа save на все документы пустить?