крч структура, которая по базе древовидная, но с перекрестными ссылками и множественными родителями
Возможно, в этом принципиальная разница... Зеттелькастен настаивает на отсутствии явных древовидных иерархий. Они могут возникать неявно в процессе перелинковки, но одна карточка может входить в любое число таких неявных иерархий.
ну да, тут древовидность растет ногами из того, что можно сделать все чисто в виде оргфайла, а он древовидный. Но при этом могут быть множественные паренты