Короче, я соорудил
хреновину, которая парсит Маркдаун, и вытягивает из него содержимое нужных секций (пока что просто последней секции второго уровня, потому что мне так нужно). При этом, если за пределом секции были объявлены ссылки, которые в ней используются, то она их не проебёт, а сохранит в выводе.