ждешь, пока новый инстанс оживет, потом просто переключаешь проксю (если есть) на него. автоматизируется с помощью какого-нибудь паппета или октопуса, хз.
А если без кластеров, докеров и других модных штук? Когда у тебя порт в винде не освобождается, пока старый инстанс запущен, файлы лежат во вполне конкретном месте и файлы не перезаливаются, пока инстанс запущен
дык а порт этот прям во внешний интернет торчит чтоль? у тебя ж есть там наверняка прокся какая-нибудь вроде nginx. поднимаешь новый инстанс на новом порту и потом в конфиге nginx меняешь старый порт на новый.