Если бы это была единственная проблема ссылок в Markdown, то с этим ещё можно было жить ) Хотя тоже не всегда: расставили вы ссылки на соседние файлы, а потом файлов скопилось так много, что вы решили раскидать их по папкам — все ссылки поломались.
Дальше ещё хуже: расставили ссылки на заголовки в соседних файлах и собрали пдфку пандоком — всё работает, а потом решили сделать из этого прокта статический сайт, а ссылки перестали работать, потому что якоря заголовков в генераторе статических файлов другие.
Мы в фолианте сделали специальный препроцессор
Superlinks, который как раз решает все эти проблемы: ссылаться можно тегом, где пишете просто заголовок, а препроцессор сам его найдёт в файлах проекта и превратит в правильную markdown-ссылку, которая будет работать и при сборке в PDF, и в статический сайт, и в Confluence, и после перетряхивания структуры проекта.
Не знаю, насколько это оверкилл, конечно, ставить фолиант только ради ссылок, но, как говорится, FYI : }