жабер расчитан на передачу событий, а матрикс - синхронизацию состояния. засчёт этого у матрикса надёжная доставка сообщений на любое количество устройств. Это собственно основное отличие.
а так в матриксе групповые чаты из коробки бай дезигн, а не через костыли. протокол не на xml. есть референсная имплементация протокола и клиента, что способствует стандартизации/