Но на практике, если сервер начинал вот так раком становиться, в первую очередь меняли проц
Как вы сами заметили, тут может много чего быть. Ни разу не сталкивался в жизни с проблемой именно проца(но не исключаю, что такое может быть). Тут может быть и сата шнурок, и диск, и старая прошивка бэкплейна., и баг ядра. Все что угодно.