Попробуй поэкспериментиповать с  CREATE INDEX
Будет ли разница

Это и так первичный ключ, не нужен тут индекс

Не надо. Потому что не будет разницы

Попробуйте вместо вызова 100 раз, вызвать один раз, но достать 100 строк

Используя, например, where uid in

В общем суть в чем. Тут как чтение так и запись важны. В игре есть заспавненные по всей карте ресурсы - деревья, камни и т.д. Когда игрок срубает дерево, нужно записать в БД, что данное дерево теперь имеет 0 ресурсов до его респавна. Если игроков на сервере будет 200-250, и даже половина будет добывать ресурсы, то есть вероятность одновременной записи в базу данных 100-150 запросов. Как вариант я думаю создавать временный список, и как-то раз в секунду одним запросом все это записывать в БД.

Так это на сервере? Тогда очевидно используйте нормальную СУБД, а не sqlite

Сразу скажу, что существует массив ресурсов в памяти, с ним идет основная работа. Запись в БД нужна на случай непредвиденного завершения работы сервера, чтобы при возобновлении работы можно было восстановить состояние игрового мира.

Мне нужно чтобы сервер работал независимо, скопировал папку на другую машину (хостинг), и все работает дальше.

К тому же, таких серверов может быть запущено 2-3 на одной машине.

Поэтому выбор пал именно на SQLite, которая встраивается в само приложение.

А при "падении" выбора вы учитывали требования к нагрузке и перфомансу?

Немного не понял вопрос) Что такое "падение выбора" и "перфоманс".

В общем сначала убедитесь, что проблема в базе, а не в приложении. Как минимум у Вас коннекшен создается при каждом вызове метода, что уже антипаттерн.
Во-вторых, как писали выше - попробуйте выбирать не по одной строке, а несколько.
В любом случае, с sqlite вы упрётесь в производительность, и ваша возможность копировать папки между серверами будет не нужна

Ну вот с MySQL у меня не было проблемы произвести 2-10 тыс. запросов за секунду, а тут с SQL прям 50 проблема (максимум что она может).

Потому что она не предназначена для такого
sqlite.org/whentouse.html

Хорошо. Изучу материал.

> Выбираем всю таблицу

Там where так-то

> N^2

Че
Откуда в итерации без вложенных итераций N^2?

Да кринж какой-то

Как только мы сделали SELECT *... это уже lg n, как минимум

Сохранили в переменную и пошли перебирать , это еще n

(Lg n) + n = n

Получается линейное время, не квадратичное

Точняк

Да, про N^2 ты подзагнул...