Возможно это особенность графического ядра у Фьюжена, повторюсь - возможно.
Там где есть пересечение сначала он предлагает сделать Join. Но, никакой лишней операции там нет. Достаточно полку будущего фланца отредактировать в меню при создании гиба. Добавить отступы слева и справа. И всё.
не знаю, вы смотрели видео? при любых изменениях, когда фланец касается другой части детали он сливается с ней. Вот это, "отредактировать" и есть лишняя операция. Я делаю фланец, задаю где он должен находиться, но я нигде не отмечал, что он волшебным образом должен приклеиться.