В общем, воркфлоу - заменить приложение А на приложение Б. Приложение Б - это 64 битная версия приложения А. Чтобы его заменить нужно схлопнуть процессы приложения А и удалить. У обоих приложений заданы процессы самих себя во вкладке Install behavior. Для того, чтобы закрыть процессы написан скрипт деинсталляции. Что происходит - запускается процесс, который закрывает все процессы приложения А, затем приложение удаляется, а приложение Б не устанавливается, т.к. клиент считает, что процессы приложения Б запущены и установка завершается ошибкой.