Короче, ты делаешь два раздела. Один для системы, другой свободный. Все проги ставишь исключительно на свободный раздел. Если установщик ничего не пихает на системный раздел, значит прога автономна, и ее можно переносить (разве что переменные среды проверить). Когда меняешь Винду или, допустим, у тебя несколько систем стоит, то все автономные программы на отдельном разделе запускаются без переустановок и прочего гемора. Сохраняешь этим кучу времени.